而教堂的彩色玻璃，不仅给教堂内带来了光明，也给教堂笼罩上一种神秘的氛围。彩色玻璃上都是一些宗教故事，是为了当年一些不识字的信徒更直观地了解宗教而制作的。

彩绘玻璃，随着欧洲中世纪教堂的发展而兴盛，浓墨重彩且肃穆，以纯手绘经低温烤制而成。随着技术的发展，现在多使用电脑作图，印刷设备进行绘制。
教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
西罗马帝国灭亡后，欧洲进入了近千年政教合一的中世纪时期，教权统治使文化、哲学、科学、艺术等领域都附庸于神学。彩绘玻璃作为一种艺术形式在这个时期发展达到巅峰，在教堂装饰中运用空前。
而让沙特尔大教堂，成为西方建筑里程碑的地方在于——它采用了新哥特式建筑的所有结构元素：尖拱、肋板拱顶、飞拱，以及彩色玻璃窗。